全国外贸单证员证书颁发机构是中华人民共和国商务部，商务部是中华人民共和国国务院的组成部门之一，负责制定和实施对外贸易政策、法规和标准，推动对外经济合作和国际经济技术交流，以及管理和监督国内市场秩序等。

为了规范外贸单证行业的发展，提高外贸企业的操作水平和服务质量，商务部于2006年正式推出了全国外贸单证员职业资格认证制度，根据这一制度，经过严格的考试和培训合格的人员将获得全国外贸单证员证书，该证书在全国范围内具有较高的权威性和认可度，是从事外贸单证业务的必备资质之一。

全国外贸单证员证书的颁发工作由商务部下属的中国国际贸易促进委员会(简称贸促会)负责，贸促会是中国最大的国际贸易促进组织之一，拥有丰富的行业资源和专业知识，为考生提供了一系列培训课程和服务支持，通过参加贸促会组织的培训课程并顺利通过考试的考生，可以获得全国外贸单证员证书。

全国外贸单证员证书颁发机构是商务部，具体负责颁发工作的是中国国际贸易促进委员会，这一证书对于从事外贸单证业务的人员来说具有重要的意义，不仅可以提高个人的专业素质和竞争力，还有助于推动整个行业的健康发展。