心理咨询师证书的发放机构主要由以下几个部门管理：

1、国家卫生健康委员会：国家卫生健康委员会是中国政府主管卫生和健康工作的部门，负责制定和实施卫生政策、法规和标准，在心理咨询领域，国家卫生健康委员会主要负责对心理咨询师的培训、考核和认证工作进行监管，确保心理咨询师具备专业素质和能力。

2、中国心理学会：中国心理学会是中国心理学领域的最高学术组织，成立于1921年，中国心理学会主要负责推动心理学的发展和应用，为政府和社会提供心理学方面的专业建议，在心理咨询师证书发放方面，中国心理学会主要负责制定心理咨询师的培训大纲、考核标准和认证程序，以及组织和管理心理咨询师的培训和考核工作。

3、地方卫生健康行政部门：地方卫生健康行政部门主要负责本行政区域内的卫生和健康工作，包括心理咨询师的培训、考核和认证，地方卫生健康行政部门通常设有专门的心理健康管理部门，负责组织和管理本地区的心理咨询师培训、考核和认证工作。

4、专业培训机构：除了政府部门外，还有一些专业的心理咨询师培训机构，如心理学院、心理咨询中心等，也承担着心理咨询师的培训、考核和认证工作，这些培训机构通常与政府部门和学术组织保持紧密合作，共同推动心理咨询师的专业发展。

5、行业协会：一些行业协会，如中国心理卫生协会、中国心理咨询师协会等，也在心理咨询师证书发放方面发挥着重要作用，这些协会通常负责制定行业规范和标准，组织和管理会员的培训、考核和认证工作，以及为会员提供专业支持和服务。

6、国际认证机构：随着全球化的发展，越来越多的心理咨询师选择参加国际认证考试，以获得国际认可的资格证书，这些国际认证机构，如美国心理学会（APA）、英国心理学家协会（BPS）等，通常会与中国政府和专业机构合作，共同推动心理咨询师的国际交流和发展。

心理咨询师证书的发放机构涉及多个部门和组织，包括政府部门、学术组织、专业培训机构、行业协会和国际认证机构等，这些部门和组织共同致力于提高心理咨询师的专业素质和能力，为社会提供高质量的心理咨询服务。