按摩理疗师证的办理部门和程序可能因地区而异，但通常可以在以下几个部门进行办理：

1、职业技能鉴定中心：这是最常见的办理部门，也是最权威的部门之一，职业技能鉴定中心会组织专业的培训和考试，通过考试后即可获得按摩理疗师证，这种方式的优点是证书具有较高的权威性和认可度，但缺点是需要参加培训和考试，时间较长。

2、人力资源和社会保障局：这是另一个常见的办理部门，也可以提供按摩理疗师证的办理服务，在人力资源和社会保障局办理的优点是流程简单，时间较短，但缺点是证书的权威性和认可度可能不如职业技能鉴定中心。

3、卫生健康委员会：部分地区的卫生健康委员会也可以提供按摩理疗师证的办理服务，在卫生健康委员会办理的优点是与医疗行业相关，有利于从事相关工作，但缺点是可能不如职业技能鉴定中心和人力资源和社会保障局的证书具有较高的权威性和认可度。

4、行业协会或商会：一些行业协会或商会也会提供按摩理疗师证的办理服务，在这些组织办理的优点是可以获得与行业相关的证书，有利于从事相关工作，但缺点是可能不如职业技能鉴定中心、人力资源和社会保障局和卫生健康委员会的证书具有较高的权威性和认可度。

5、其他政府部门：有些地区的政府还可能提供按摩理疗师证的办理服务，具体可以咨询当地的政府部门，这种方式的优点是办理流程简单，时间较短，但缺点是可能不如其他部门的证书具有较高的权威性和认可度。

办理按摩理疗师证的部门有很多，具体选择哪个部门办理可以根据自己的需求和实际情况来决定，在选择办理部门时，建议优先考虑职业技能鉴定中心、人力资源和社会保障局和卫生健康委员会等具有较高权威性和认可度的部门，以确保获得的证书能够得到行业的认可和接受，也要注意了解不同部门的办理流程、所需材料和费用等信息，以便顺利完成办理手续。