康复理疗师证办理机构主要由卫生健康委员会(原卫生部)进行管理和监督，在中国，卫生健康委员会是负责全国卫生和健康事务的政府部门，其主要职责包括制定和实施卫生政策、法规和标准，以及对医疗保健行业进行监管。

康复理疗师是指具备康复理疗专业知识和技能，能够为患者提供康复治疗服务的专业人士，康复理疗师的主要工作内容包括评估患者的康复需求，制定个性化的康复治疗方案，指导患者进行康复训练，并对康复治疗效果进行评估和调整，康复理疗师在医院、社区卫生服务中心、康复中心等医疗机构中开展工作。

要成为一名合格的康复理疗师，需要具备一定的专业知识和技能，并通过相应的考试获得资格证书，在中国，康复理疗师的职业资格认证主要由卫生健康委员会主管的职业技能鉴定中心负责，考生需要参加理论考试和实践操作考试，考试合格后才能获得康复理疗师资格证书。

除了卫生健康委员会外，还有一些其他机构也参与康复理疗师证书的办理和管理，中国残联(原中国残疾人联合会)也会对康复理疗师的专业发展提供支持和指导，一些专业的培训机构和服务公司也会提供康复理疗师培训课程和证书办理服务。

康复理疗师证办理机构主要是由卫生健康委员会进行管理和监督的，考生可以通过参加相关培训和考试，获得康复理疗师资格证书，从而在医疗机构中从事康复治疗工作。