中医针灸师证办理机构需要备案的证书主要包括以下几个方面：

1、中医针灸师资格证：这是中医针灸师的基本证书，证明持有人具备从事中医针灸工作的能力和水平，在办理中医针灸师证时，首先需要获得中医针灸师资格证，然后才能进行后续的备案工作。

2、医疗机构执业许可证：中医针灸师在医疗机构中工作时，需要持有有效的医疗机构执业许可证，这是因为医疗机构执业许可证是医疗机构合法开展业务的凭证，没有医疗机构执业许可证的中医针灸师将无法在医疗机构中工作。

3、个人卫生许可证：中医针灸师在工作中需要直接与患者接触，因此需要持有有效的个人卫生许可证，个人卫生许可证是卫生部门对从业人员健康状况和卫生条件的一种监管手段，没有个人卫生许可证的中医针灸师将无法为患者提供服务。

4、医疗器械经营许可证：中医针灸师在工作中需要使用一些医疗器械，如针头、灸具等，需要持有有效的医疗器械经营许可证，医疗器械经营许可证是卫生部门对医疗器械经营者的一种监管手段，没有医疗器械经营许可证的中医针灸师将无法购买和使用医疗器械。

5、消防安全检查合格证：中医针灸机构通常设在医院、诊所等场所内，因此需要遵守消防安全规定，在办理中医针灸师证时，需要提交消防安全检查合格证，证明机构的消防安全符合相关规定。

6、环境保护许可证：中医针灸机构在运营过程中会产生一定的噪音、废水等污染，因此需要遵守环境保护规定，在办理中医针灸师证时，需要提交环境保护许可证，证明机构的环境保护符合相关规定。

7、其他相关证书：根据不同地区的规定，中医针灸师证办理机构还需要提交其他相关证书，如食品药品监督管理局颁发的食品经营许可证、工商行政管理部门颁发的企业法人营业执照等。

中医针灸师证办理机构需要备案的证书主要包括中医针灸师资格证、医疗机构执业许可证、个人卫生许可证、医疗器械经营许可证、消防安全检查合格证、环境保护许可证以及其他相关证书，这些证书的取得和备案工作对于保障患者的权益和提高中医针灸服务质量具有重要意义。