理疗师证发证机关是指在国家职业资格制度下，负责对理疗师进行资格认证、管理和监督的政府部门或机构，在中国，理疗师证发证机关主要由国家卫生健康委员会(原卫生部)和各省、自治区、直辖市卫生健康委员会共同负责。

国家卫生健康委员会是全国范围内理疗师资格认证的主管部门，根据《中华人民共和国职业资格证书条例》和《职业技能鉴定规定》，国家卫生健康委员会负责制定理疗师职业技能鉴定标准、考试大纲和题库，组织实施全国范围内的理疗师职业技能鉴定工作，通过考试合格的人员，将获得由国家卫生健康委员会颁发的理疗师职业资格证书。

各省、自治区、直辖市卫生健康委员会在国家卫生健康委员会的指导下，负责本辖区内理疗师资格认证的具体工作，各省、自治区、直辖市卫生健康委员会应当按照国家统一的职业技能鉴定标准和程序，组织开展理疗师职业技能鉴定工作，对考试合格的人员颁发相应的职业资格证书，各省、自治区、直辖市卫生健康委员会还应当加强对本辖区内理疗师培训机构的监督管理，确保培训质量。

在理疗师证发证过程中，发证机关会对申请人的资格进行严格审核，包括申请人的学历、工作经历、体检等方面，只有符合相关条件的人员，才能获得理疗师职业资格证书，发证机关还会定期对已获证的理疗师进行监管和考核，确保其专业技能水平和服务质量。

理疗师证发证机关在职业资格认证和管理方面发挥着重要作用，通过严格的资格审查和职业技能鉴定，确保了理疗师队伍的专业素质和服务质量，为广大人民群众提供了优质的健康服务。