运动康复师证发证机构主要包括以下几个部门：

1、国家卫生健康委员会（National Health Commission，简称NHC）：作为中国最高卫生行政主管部门，国家卫生健康委员会负责制定和实施全国医疗卫生政策、法律法规，对医疗卫生事业进行监督管理，运动康复师证的发证工作也由该部门主管。

2、国家体育总局（General Administration of Sport，简称GASC）：国家体育总局是国务院直属的行政机构，主要负责全国体育事业的发展和管理，运动康复师证的发证工作也与该部门密切相关。

3、各级地方卫生健康行政部门：在国家卫生健康委员会的指导下，各级地方卫生健康行政部门负责本行政区域内的医疗卫生事业管理工作，包括运动康复师证的发证工作。

4、各级地方体育行政部门：在国家体育总局的指导下，各级地方体育行政部门负责本行政区域内的体育事业管理工作，包括运动康复师证的发证工作。

5、专业认证机构：除了政府部门外，还有一些专业的认证机构也可以发放运动康复师证，这些认证机构通常具有权威性和专业性，如国际运动康复协会（International Sports Medicine Association，简称ISMA）等。

6、高校和职业院校：一些高校和职业院校设有运动康复专业，通过学习相关课程和实践操作，学生可以获得运动康复师资格，这些学校通常会颁发运动康复师证书。

7、行业协会和组织：一些行业协会和组织也会对运动康复师进行认证和培训，如中国康复医学会、中国运动康复协会等，这些协会和组织颁发的证书具有一定的权威性和认可度。

8、国际认证机构：随着国际交流的加深，一些国际认证机构也开始在中国开展运动康复师认证工作，这些认证机构通常具有较高的国际影响力和认可度，如美国运动医学会（American College of Sports Medicine，简称ACSM）等。

运动康复师证发证机构涉及多个部门和领域，包括政府部门、专业认证机构、高校和职业院校、行业协会和组织以及国际认证机构等，这些机构共同为运动康复师提供了权威、专业的认证服务，为推动我国运动康复事业的发展做出了积极贡献。

在选择运动康复师证发证机构时，建议考生要充分了解各个机构的资质、权威性和认可度，选择具有较高水平的认证机构进行学习和考试，考生还要关注自身的职业发展需求，选择适合自己的认证机构和课程，以提高自己的专业素质和竞争力。