中国心理卫生协会的心理咨询师证和中科院的心理咨询师证都是在中国心理学领域具有较高认可度的职业资格证书，它们之间还是存在一定的差异，主要体现在以下几个方面：

1、发证机构：中国心理卫生协会（以下简称“协会”）是由国家卫生健康委员会主管，民政部登记注册的全国性社会团体，协会的主要职责是推动心理健康事业的发展，提高人民群众的心理素质，为政府和社会提供专业服务，而中科院（中国科学院）是中国最高学术机构和全国自然科学与高新技术的研究与发展中心，其心理咨询师证则是由中科院心理研究所颁发的。

2、培训内容：协会的心理咨询师培训课程主要包括心理学基础知识、心理咨询技能、心理测量与评估、心理干预与治疗等方面的内容，而中科院的心理咨询师培训课程则更注重心理学理论与实践的结合，以及心理咨询师在临床、教育、企业等领域的应用。

3、考试形式：协会的心理咨询师考试分为理论知识考试和实践能力考核两部分，其中理论知识考试采用闭卷笔试的形式，实践能力考核则包括案例分析、实际操作等环节，而中科院的心理咨询师考试则采用综合评价的方式，包括笔试、面试、实习等多个环节，更加注重考生的实际操作能力和综合素质。

4、证书含金量：由于协会和中科院在心理学领域的权威性和影响力不同，因此它们的心理咨询师证书在社会上的认可度也有所差异，中科院的心理咨询师证书在学术界和业界的认可度较高，被认为是更具权威性的职业资格证书，而协会的心理咨询师证书则更注重实用性和普及性，适合广大心理学爱好者和从业者参加。

5、职业发展：持有协会和中科院心理咨询师证书的人员，都可以从事心理咨询、心理治疗、心理教育等工作，由于中科院的心理咨询师证书在学术界和业界的认可度较高，因此持有该证书的人员在职业发展上可能会有更多的机会和选择。

中国心理卫生协会的心理咨询师证和中科院的心理咨询师证各有特点和优势，具体选择哪个更好，需要根据个人的兴趣、职业规划和发展需求来决定，如果你对心理学理论有较高的兴趣，希望在学术界和业界有所发展，那么中科院的心理咨询师证书可能更适合你；而如果你更关注心理学的实用性和普及性，希望为社会大众提供心理健康服务，那么协会的心理咨询师证书可能更符合你的需求。