心理咨询师证书发放机构主要包括以下几个部门：

1、国家卫生健康委员会（National Health Commission，简称NHC）：作为中国政府主管卫生和健康工作的部门，国家卫生健康委员会负责制定和实施心理健康政策、法规和标准，对心理咨询师的培训、考核和认证工作进行指导和监督。

2、中国心理卫生协会（China Association for Mental Health，简称CAMH）：中国心理卫生协会是全国性的专业社会团体，致力于推动心理健康事业的发展，协会负责组织心理咨询师的培训、考核和认证工作，为心理咨询师提供专业发展和服务的平台。

3、各省市卫生健康委员会：在国家卫生健康委员会的指导下，各省市卫生健康委员会负责本地区心理咨询师的培训、考核和认证工作，确保心理咨询师的专业素质和服务质量。

4、高校和职业培训机构：许多高校和职业培训机构开设了心理咨询师培训课程，为学员提供系统的心理学知识和实践技能培训，这些机构通常会与国家卫生健康委员会、中国心理卫生协会等相关部门合作，共同推进心理咨询师的培训、考核和认证工作。

5、国际心理咨询师认证机构：随着国际交流的不断加深，一些国际知名的心理咨询师认证机构也开始在中国开展业务，如美国心理咨询师协会（American Counseling Association，简称ACA）、英国心理咨询师协会（British Association for Counselling and Psychotherapy，简称BACP）等，这些机构通常会与国家卫生健康委员会、中国心理卫生协会等相关部门合作，共同推进心理咨询师的培训、考核和认证工作。

6、企事业单位和社会组织：一些企事业单位和社会组织也会开展心理咨询师培训和认证工作，为员工和社会提供专业的心理健康服务，这些单位通常会与国家卫生健康委员会、中国心理卫生协会等相关部门合作，共同推进心理咨询师的培训、考核和认证工作。

心理咨询师证书发放机构涉及多个部门和领域，包括政府部门、专业协会、高校和职业培训机构、国际认证机构以及企事业单位和社会组织等，这些部门和机构共同推动心理咨询师的培训、考核和认证工作，为社会提供专业、高质量的心理健康服务。