花卉园艺师证书是由多个部门共同颁发的，具体包括以下几个部门：

1、国家人力资源和社会保障部：作为国家级政府部门，人力资源和社会保障部负责制定和发布全国职业资格证书制度的政策法规，对花卉园艺师证书的颁发和管理具有最终决定权。

2、国家林业和草原局：作为国家级林业和草原管理部门，国家林业和草原局负责制定和实施林业和草原行业的发展规划、政策和标准，对花卉园艺师的专业技能培训和考核具有指导作用。

3、中国花卉协会：作为一个全国性的花卉行业组织，中国花卉协会负责推动花卉产业的发展，制定行业标准和规范，对花卉园艺师的职业能力进行评价和认证。

4、各省、自治区、直辖市林业和草原局：各级林业和草原局在国家林业和草原局的指导下，负责本地区的林业和草原管理工作，对花卉园艺师的职业培训、考核和证书颁发具有一定的参与权。

5、各地职业技能鉴定中心：职业技能鉴定中心是人力资源和社会保障部授权的职业技能鉴定机构，负责组织和实施花卉园艺师的职业技能鉴定工作，对通过鉴定的人员颁发相应的职业资格证书。

6、各地花卉行业协会：各地花卉行业协会作为地方性的行业组织，负责推动本地区花卉产业的发展，对花卉园艺师的职业能力进行评价和认证，协助各级林业和草原局开展花卉园艺师的职业培训和考核工作。

花卉园艺师证书的颁发涉及到多个部门的协同合作，包括国家人力资源和社会保障部、国家林业和草原局、中国花卉协会等，在实际操作中，各地林业和草原局、职业技能鉴定中心、花卉行业协会等具体负责部门会根据实际情况制定相应的颁发流程和管理规定，确保花卉园艺师证书的权威性和有效性。