创业指导师证书是由多个部门颁发的，具体取决于所在国家和地区的政策，在中国，创业指导师证书一般由人力资源和社会保障部门颁发，还可以由各级政府主管部门、高等院校、职业培训机构等单位颁发。

在其他国家和地区，创业指导师证书的颁发部门也可能不同，在美国，创业指导师证书通常由美国劳工部下属的职业培训与技能发展局(Occupational Training and Skills Development)颁发，而在欧洲，创业指导师证书则可能由欧盟委员会或各成员国政府主管部门颁发。

创业指导师证书的颁发部门因国家和地区的政策而异，如果您想了解具体的颁发部门，建议您查阅当地的相关政策或咨询相关部门。