高级农艺师证书发证机关是中华人民共和国农业部，农业部是中国政府的一个部门，负责全国农业生产、农村经济和农民生活的指导和管理，农业部下设多个司局，其中包括种植业管理司、畜牧业管理局等，负责各自领域的管理工作。

高级农艺师证书是由农业部颁发的，是对在农业领域具有较高专业技术水平和丰富实践经验的人员进行认定和表彰的一种方式，获得高级农艺师证书的人员，可以在全国范围内从事与农业相关的技术指导、科研开发、技术推广等工作，同时也可以作为农业领域的专家人物，参与政策制定和行业标准的制定。

高级农艺师证书的发证程序主要包括以下几个步骤：申请人需要满足一定的条件，如具有相应的学历背景、工作经历和业绩等；申请人需要通过笔试和面试等环节的考核，以证明其在农业领域的专业能力和素质；由农业部审核并授予高级农艺师证书。

高级农艺师证书的发证机关是中华人民共和国农业部，这是一种对农业领域专业技术人才的重要认可和激励措施。