中医理疗师证是由国家卫生健康委员会颁发的，是国家职业资格证书，考试分为理论考试和实践操作考试两部分，其中理论考试包括中医基础理论、中药学、针灸学、推拿学、康复医学等方面的知识，实践操作考试则需要考生具备一定的临床技能和操作能力。

至于哪个部门颁发的最好考，这个因人而异，不同的人有不同的情况和需求，如果您想在医院或诊所工作，那么建议您选择国家卫生健康委员会颁发的证书；如果您想自己开店或者从事私人健康服务，那么可以考虑其他部门颁发的证书。