中医针灸师资格证的颁发机构主要分为两类：一是国家中医药管理部门，二是各省、自治区、直辖市中医药管理部门，国家中医药管理部门负责全国范围内的中医针灸师资格证的颁发工作，而各省、自治区、直辖市中医药管理部门则负责本辖区内的中医针灸师资格证的颁发工作。

国家中医药管理部门颁发的中医针灸师资格证主要包括以下几个方面：1. 初级中医针灸师资格证书；2. 中级中医针灸师资格证书；3. 高级中医针灸师资格证书，这些证书的颁发主要是根据中医针灸师的从业经历、业务水平、理论知识等方面的考核结果来决定的。

还有一些专门针对某一领域的中医针灸师资格证书，如小儿针灸师资格证书、疼痛科针灸师资格证书等，这些证书的颁发也是根据从业者的专业知识和技能水平来决定的。

在实际操作中，中医针灸师资格证的颁发通常需要经过以下几个步骤：由申请人向所在单位提出申请，并提交相关材料；由单位对申请人进行审核，包括对其从业经历、业务水平、理论知识等方面的考核；由国家或地方中医药管理部门对审核通过的人员进行综合评定，并颁发相应的中医针灸师资格证书。

中医针灸师资格证的颁发是一个严格的过程，需要经过多个环节的审核和评定，只有具备一定的从业经验和专业技能的人才能够获得相应的资格证书，对于想要从事中医针灸行业的人员来说，获得中医针灸师资格证是非常重要的一件事情。