单证员证书丢了是可以补办的，根据《中华人民共和国海关总署令(第249号)》规定，单证员证书遗失或者损毁的，申请人应当向原发证机关申请补发，补发证书时，应当提交以下材料：

1、书面申请，说明丢失或者损毁的情况；

2、申请人身份证明；

3、原发证机关要求的有关证明材料。

原发证机关在收到补发申请后，应当自受理之日起7个工作日内完成审核，并作出批准或者不予批准的决定，批准的，颁发新的单证员证书；不予批准的，告知申请人不予补发的原因。

关于单证员证书的费用问题，由于不同地区、不同部门的具体规定可能有所不同，建议您直接咨询当地的海关总署或者相关部门了解具体的补办费用标准，补办证书的费用应该不会太高，但具体金额还需以当地政府部门的收费为准。