在填写中医理疗师证发证单位时，需要根据实际情况选择合适的发证单位，中医理疗师证的发证单位可以包括以下几种：

1、中医药管理部门：如国家中医药管理局、省级中医药管理部门等，这些部门通常负责制定中医药行业的政策、法规和技术标准，对中医理疗师的培训、考核和发证具有权威性。

2、中医药院校：如中医药大学、中医药学院等，这些院校通常负责中医药专业的教学和科研工作，对中医理疗师的培养具有一定的权威性，在这些院校取得中医理疗师证书的人员，通常具备较高的专业素养和技能水平。

3、中医药行业协会：如中国中医协会、中国针灸推拿协会等，这些协会通常负责中医药行业的组织、协调和服务工作，对中医理疗师的培训、考核和发证也具有一定的影响力，在这些协会取得中医理疗师证书的人员，通常具备较高的行业认可度。

4、中医药企业或机构：如中医院、针灸推拿诊所等，这些企业和机构通常负责提供中医理疗服务，对中医理疗师的培训、考核和发证也具有一定的参考价值，在这些企业和机构取得中医理疗师证书的人员，通常具备较高的实践经验和技能水平。

在填写中医理疗师证发证单位时，建议选择具有较高权威性和行业认可度的单位，以提高个人职业素质和竞争力，还需要注意核实发证单位的资质和信誉，避免选择非法或不正规的发证单位。