针灸师证书是由多个机构发放的，包括但不限于：

1、国家中医药管理局：国家中医药管理局是负责全国中医药工作的部门，其下设有针灸师资格考试委员会，负责组织和管理针灸师资格考试，通过考试并符合条件的人员，可以由国家中医药管理局颁发针灸师资格证书。

2、各省、自治区、直辖市中医药管理部门：各省、自治区、直辖市中医药管理部门也会组织针灸师资格考试，并颁发相应的针灸师资格证书，北京市中医药管理局、上海市卫生健康委员会等。

3、各大高校：一些高校也开设了针灸推拿专业或相关专业，并会组织针灸师资格考试，通过考试并符合条件的人员，可以由学校颁发针灸师资格证书，北京中医药大学、上海中医药大学等。

4、其他认证机构：除了以上几个主要的机构外，还有一些专门从事职业技能认证的机构也会颁发针灸师证书，中国职业技能鉴定指导中心、中国人力资源和社会保障部职业技能鉴定中心等。

需要注意的是，不同的机构颁发的针灸师证书在法律效力上是相同的，都可以作为从业者的资格证明，但是在实际求职过程中，有些用人单位可能会更倾向于选择某个特定机构颁发的证书，因此建议考生根据自己的实际情况和需求来选择适合自己的证书颁发机构。