针灸师证书的发放主要由国家卫生健康委员会(原卫生部)负责，在中国，针灸师证书的发放和管理遵循《中华人民共和国职业资格证书管理条例》的规定，该条例规定，职业资格证书由劳动行政部门或者授权的机构发放，用于证明劳动者具有从事某一职业所必需的职业技能和知识。

要获得针灸师证书，首先需要参加由国家卫生健康委员会认证的针灸师培训课程，这些课程通常包括中医基础理论、经络腧穴学、针灸技能操作等方面的内容，在完成培训课程并通过考试后，学员可以申请领取针灸师资格证书。

针灸师证书的发放机构主要包括以下几个：

1、各级卫生行政部门：作为职业资格证书的主管部门，卫生行政部门负责颁发和管理针灸师证书，在申请领取针灸师证书时，学员需要向所在地区的卫生行政部门提交相关材料，如身份证明、学历证明、培训成绩单等。

2、授权的培训机构：为了保证针灸师培训的质量，国家卫生健康委员会对针灸师培训机构进行资质认定，经过认定的培训机构可以为学员提供专业的针灸师培训课程，并协助学员申请领取针灸师证书。

3、社会力量：除了政府部门和授权的培训机构外，一些社会组织和企业也可以开展针灸师培训活动，这些组织在完成培训课程并通过考试后，可以向学员颁发针灸师证书，但需要注意的是，这类组织的针灸师证书并未得到国家卫生健康委员会的直接认可，因此在求职和职称评定等方面可能会受到一定限制。

针灸师证书的发放主要由国家卫生健康委员会负责，各级卫生行政部门、授权的培训机构和社会力量都可以参与到针灸师培训和证书发放工作中，在选择培训机构时，建议学员选择具有资质认定和正规教学经验的机构，以确保培训质量和证书的权威性。