中医针灸理疗师证书的发放部门有很多，不同的部门对于证书的认可度和权威性也有所不同，国家中医药管理局颁发的证书是最具有权威性的，但是由于该证书的考试难度较大，所以很多人会选择其他部门颁发的证书。

除了国家中医药管理局外，各省、市、县级卫生行政部门也会颁发中医针灸理疗师证书，这些部门颁发的证书在一定程度上也是有保障的。

还有一些培训机构也会开设中医针灸理疗师培训班，并颁发相应的证书，这些机构的证书虽然不如国家中医药管理局和卫生行政部门颁发的证书权威，但是对于初学者来说也是一个不错的选择。

无论您选择哪个部门颁发的中医针灸理疗师证书，都需要注意以下几点：1. 确认该部门是否具有颁发相应证书的资质；2. 确认该证书是否被国家认可；3. 了解该证书所包含的内容和培训课程是否符合您的需求。