办理理疗师证的部门和具体申请流程可能因国家和地区的法规不同而有所不同，在中国，理疗师通常是由卫生健康委员会(原卫生部)颁发的，以下是一般的步骤：

教育和培训 :你需要完成相关的教育和培训课程，这通常包括生物学、解剖学、生理学等相关科目的学习，以及一定的实践经验，有些地方可能还要求你通过一些专业认证考试。

实习 :在完成教育和培训后，你需要进行一定的实习，以获得实际操作的经验。

报名考试 :在你满足所有的学历和经验要求后，你可以报名参加理疗师资格证的考试。

参加考试 :在指定的时间和地点参加考试，考试通常包括理论部分和实践部分。

获得证书 :如果你通过了考试，你将获得理疗师资格证书。

具体的申请流程和所需的材料可能会因地区而异，所以我建议你直接咨询当地的卫生健康委员会或者查看他们的官方网站，以获取最准确和最新的信息。

至于如何填写申请表格，申请表格会提供一些基本的信息供你填写，如你的姓名、联系方式、教育背景等，对于"怎么填"的问题，我建议你按照指示填写，并确保所有信息的准确性，如果有任何不确定的地方，你可以寻求专业人士的帮助。