中医针灸师证书的考试内容主要包括中医基础理论、针灸学、临床实践技能等方面的知识，中医基础理论包括中医阴阳五行、脏腑经络、病因病机、诊法辨证等方面的知识；针灸学主要包括针灸发展史、针灸器具、针灸基本技法、常见疾病的针灸治疗等；临床实践技能主要包括针灸治疗的实际操作技能和诊疗思路 。