在选择中医全科理疗师证书时，人社部和中科院都是具有一定权威性的机构，它们分别从不同的角度对中医全科理疗师进行认证和培训，因此在实际应用中，两者的证书在一定程度上是互补的，下面我们将详细分析这两个机构的权威性以及它们各自的优势。

人社部(原劳动和社会保障部)是国家级的人力资源和社会保障部门，负责全国范围内的职业资格证书的颁发和管理，人社部的中医全科理疗师证书在全国范围内具有较高的认可度，是从事中医全科理疗师工作的必备证书，人社部的培训课程通常涵盖中医基础理论、针灸、推拿、拔罐等多种技能，能够全面培养学生的中医全科理疗能力。

中科院(中国科学院)是中国最高学术机构和综合性研究与发展中心，其下属的相关研究所在中医药领域具有较高的研究水平和影响力，中科院的中医全科理疗师证书主要依托于中科院的科研实力和人才资源，注重理论与实践相结合，培养具有较高科研素养和创新能力的中医全科理疗师。

在选择中医全科理疗师证书时，我们应该如何权衡两者的权威性呢？以下几点建议供您参考：

1、根据个人兴趣和发展方向来选择，如果您对中医药的研究和理论更感兴趣，可以选择中科院的证书；如果您希望成为一名具备实际操作能力的中医全科理疗师，可以选择人社部的证书。

2、考虑就业市场的需求，虽然两者的证书都具有一定的权威性，但在实际就业中，人社部的证书可能更受市场欢迎，因为它在全国范围内具有较高的认可度，而中科院的证书则更适合从事中医药研究和教学工作的人员。

3、综合考虑培训质量和费用，在选择证书时，还需要关注培训机构的质量和费用，可以咨询已经获得这两个证书的人员，了解他们的学习体验和就业情况，以便做出更明智的选择。

人社部和中科院的中医全科理疗师证书各自具有一定的权威性和优势，选择哪个证书取决于您的个人兴趣、发展方向和就业需求，建议您在做出决策前，充分了解两个证书的相关信息，以便做出最适合自己的选择。