中医康复理疗师证书的机构有很多，以下是一些常见的机构：

1、国家中医药管理局职业技能鉴定中心：该中心是由国家中医药管理局主管的职业技能鉴定机构，负责中医康复理疗师的职业技能鉴定工作。

2、中国中医科学院广安门医院：该医院是一所集医疗、教学、科研为一体的三级甲等中医院，拥有一支高水平的中医康复理疗师团队，可以为学员提供专业的培训和指导。

3、北京中医药大学东方医院：该医院是北京中医药大学直属的一所三级甲等综合性医院，也是国家中医药管理局认证的中医康复理疗师培训基地之一。

4、上海中医药大学附属岳阳中西医结合医院：该医院是一家集医疗、教学、科研为一体的三级甲等中西医结合医院，也是国家中医药管理局认证的中医康复理疗师培训基地之一。

5、广州中医药大学第一附属医院：该医院是一所集医疗、教学、科研为一体的三级甲等中医院，也是国家中医药管理局认证的中医康复理疗师培训基地之一。