中医针灸理疗师证书是由国家卫生健康委员会颁发的，根据《中华人民共和国医师法》和《中华人民共和国护士法》的规定，医师、护士等医疗人员必须经过严格的培训和考核，取得相应的执业资格证书后方可从事相应的医疗工作，而中医针灸理疗师作为中医药行业的一员，也需要取得相应的证书才能从事相关工作。

目前，国内主要的中医针灸理疗师证书颁发机构有以下几个：

1. 中国中医科学院针灸研究所：该研究所是国内最早开展针灸理论研究和临床实践的机构之一，也是国家中医药管理局直属事业单位，该所开设了中医针灸专业本科和硕士研究生课程，并负责组织中医针灸师资格考试等工作。

2. 中国中医科学院西苑医院：该医院是国家中医药管理局直属大型综合性医院，也是全国著名的中西医结合医院之一，该院开设了中医针灸专科，并设有中医针灸师培训中心，负责组织中医针灸师的培训和考试工作。

3. 其他各省市卫生行政部门指定的培训机构：各地卫生行政部门会根据实际情况选择一些专业的培训机构来组织中医针灸师的培训和考试工作，这些机构一般都是由当地的中医药大学或中医药学院设立的，具有一定的师资力量和教学经验。

需要注意的是，不同的颁发机构对于中医针灸理疗师证书的要求可能会有所不同，具体要求可以参考当地卫生行政部门或相关机构发布的相关规定，由于中医针灸理疗师属于专业技术人才，其证书具有一定的权威性和认可度，因此在求职和职业发展方面具有很大的优势。