针灸理疗师证书颁发机构的级别通常是由国家卫生健康委员会(简称国家卫健委)进行认证和管理的，在国家层面，卫生行业管理部门负责对医疗行业的管理和监督，其中包括对医疗从业人员的资质认证和管理，针灸理疗师作为医疗行业的一种专业技能，其证书颁发也需要经过国家卫生健康委员会的审核和认可。
在具体的实施过程中，国家卫生健康委员会会与各级卫生行政部门、中医药管理部门以及相关行业协会等合作，共同推动针灸理疗师证书的颁发工作，各级卫生行政部门负责在本行政区域内对申请颁发针灸理疗师证书的人员进行资格审核，并将审核通过的人员名单报送至国家卫生健康委员会，国家卫生健康委员会则根据各地提交的名单，对符合条件的人员进行统一编号和备案，最终颁发针灸理疗师证书。
一些地方卫生行政部门还会与地方中医药管理部门、职业培训机构等合作，开展针灸理疗师的培训工作，在培训结束后，学员需要参加由地方卫生行政部门组织的考试，考试合格者方可获得针灸理疗师证书，这种模式下，针灸理疗师证书的颁发机构级别可能略低于国家级机构，但同样具有权威性和认可度。
针灸理疗师证书颁发机构的级别主要取决于国家卫生健康委员会的管理和监管，各级卫生行政部门和中医药管理部门在国家卫健委的指导下，负责本地区针灸理疗师证书的发放工作，确保针灸理疗师的专业素质和技能得到有效保障。
