在选择中医针灸理疗师证书的发放部门时，需要考虑以下几个方面：

1、政策支持：可以关注国家卫生健康委员会、教育部等相关部门对于中医药教育和培训的政策支持，这些政策往往会对中医针灸理疗师证书的发放部门产生影响，国家卫生健康委员会发布的《关于进一步加强中医药教育改革发展的意见》中提到，要加强中医药人才培养，提高中医药教育质量，完善中医药教育体系，选择一个与政策紧密相关的部门颁发证书，有利于今后的职业发展。

2、行业认可度：可以关注中医针灸理疗师证书在行业内的认可度，具有较高行业认可度的部门颁发的证书，更能证明持证人在中医针灸理疗方面的专业水平，可以通过查阅相关行业的权威机构、专业协会等组织的官方网站，了解他们对于中医针灸理疗师证书发放部门的评价和推荐。

3、培训机构的实力：还需要考虑发证部门所在机构的实力，一个实力较强的机构，不仅能够提供系统、全面的中医针灸理疗师培训课程，还能为学员提供更多的实践机会和就业保障，在选择发证部门时，可以关注其背后的培训机构，了解他们的师资力量、教学设施、实习实训基地等方面的情况。

4、个人兴趣和发展目标：还需要结合自己的兴趣和发展目标来选择发证部门，如果你对中医药文化有浓厚的兴趣，希望在这个领域深入研究和发展，那么可以选择一个与中医药相关的部门颁发证书；如果你更关注实际操作技能的培养，希望能够在临床实践中更好地运用所学知识，那么可以选择一个注重实践教学的部门颁发证书。

在选择中医针灸理疗师证书的发放部门时，需要综合考虑政策支持、行业认可度、培训机构实力以及个人兴趣和发展目标等多个因素，做出明智的选择，还需要注意查询相关信息的真实性和准确性，避免上当受骗。