中医针灸师证书是国家承认的合法职业资格证书，其颁发部门主要有卫生部、国家中医药管理局等，卫生部颁发的证书具有较高的权威性和认可度，而国家中医药管理局颁发的证书则更加注重对针灸技能的考核和评价。

在选择中医针灸师证书时，需要注意以下几点：要选择正规的培训机构进行学习和考试，以确保所获得的证书具有合法性和有效性；要关注证书的颁发部门和认证标准，选择权威性和可信度高的机构和标准；还要结合自身的实际情况和职业规划，综合考虑各种因素，做出最合适的选择。

无论是卫生部还是国家中医药管理局颁发的中医针灸师证书都是正规合法的职业资格证书，具有一定的权威性和认可度，在选择时需要根据自身情况和需求进行综合考虑，并选择正规机构进行学习和考试，以确保所获得的证书具有真实性和有效性。