康复理疗师证办理机构的审批部门主要包括以下几个：

1、国家卫生健康委员会(National Health Commission of the People's Republic of China,简称NHC):作为中国卫生健康行业的主管部门，NHC负责对康复理疗师证书的颁发和管理，康复理疗师需通过NHC组织的全国统一考试，取得合格成绩后，方可向NHC申请颁发康复理疗师证书。

2、各省、自治区、直辖市卫生健康委员会(简称卫健委):在NHC的指导下，各省、自治区、直辖市卫健委负责本地区的康复理疗师证书的管理和监督，各地卫健委会对申请颁发康复理疗师证书的人员进行审核，确保其具备相应的专业知识和技能。

3、人力资源社会保障部：作为中国的人力资源和社会保障部门，人力资源社会保障部负责对康复理疗师职业资格认证的工作进行指导和监督，康复理疗师证书的颁发需经过人力资源社会保障部的批准。

4、国家职业技能鉴定中心：国家职业技能鉴定中心是国家级的职业技能鉴定机构，负责组织和实施全国性的职业技能鉴定工作，康复理疗师证书的颁发需经过国家职业技能鉴定中心的鉴定和认证。

5、各省、自治区、直辖市职业技能鉴定中心：在国家职业技能鉴定中心的指导下，各省、自治区、直辖市职业技能鉴定中心负责本地区的职业技能鉴定工作，各地职业技能鉴定中心会对申请颁发康复理疗师证书的人员进行技能鉴定，确保其具备相关的专业技能。

6、行业协会或学会：在中国，康复医学行业有多个行业协会或学会，如中国康复医学会、中国康复治疗专业委员会等，这些协会或学会在NHC的指导下，负责组织和开展康复理疗师的专业培训和学术交流活动，对申请颁发康复理疗师证书的人员进行资质审核和推荐。

7、培训机构：为了帮助更多的人获得康复理疗师证书，国内有很多培训机构提供康复理疗师培训课程，这些培训机构需要遵守相关法律法规和政策要求，确保培训质量和学员的权益。

康复理疗师证办理机构的审批部门包括国家卫生健康委员会、各省、自治区、直辖市卫生健康委员会、人力资源社会保障部、国家职业技能鉴定中心、各省、自治区、直辖市职业技能鉴定中心、行业协会或学会以及培训机构等，申请人需要按照相关规定和程序，通过这些部门的审批，才能成功获得康复理疗师证书。