在回答这个问题之前，我们首先要了解什么是针灸师证，针灸师证是指通过国家统一的针灸师资格考试获得的证书，证明持证人具备一定的针灸技能和相关知识，而推拿店则是一种提供推拿服务的场所，主要针对肌肉骨骼等部位进行按摩、拉伸等操作。

拥有中科院针灸师证的针灸师是否可以在推拿店进行针灸操作呢？答案是肯定的，因为针灸和推拿虽然都属于中医外治法的范畴，但它们之间还是存在一定的区别，针灸主要是通过针刺人体特定的穴位来调节气血、平衡阴阳，从而达到治疗疾病的目的；而推拿则是通过手法对人体的肌肉、骨骼等部位进行按摩、拉伸等操作，以缓解疲劳、舒缓筋骨紧张等症状。

尽管如此，我们还是要强调的是，无论是在推拿店进行针灸操作，还是在正规的医疗机构进行针灸治疗，都需要具备相应的专业技能和资质，对于在推拿店进行针灸操作的针灸师来说，他们需要确保自己具备足够的专业知识和技能，以免因为操作不当而导致患者受到伤害。

从法律法规的角度来看，从事医疗行为的人员都需要取得相应的执业资格，在我国，从事针灸治疗的医师需要取得《医师资格证书》，并在医疗机构内执业；而从事推拿服务的人员则需要取得《推拿师职业资格证书》，在推拿店进行针灸操作的针灸师，也需要确保自己具备相应的执业资格。

拥有中科院针灸师证的针灸师可以在推拿店进行针灸操作，但前提是他们需要具备足够的专业知识和技能，并确保自己具备相应的执业资格，患者在选择推拿店进行治疗时，也要注意选择具备合法执业资格的针灸师，以保障自己的权益。