心理咨询师证书机构主要包括以下几个部门：

1、国家卫生健康委员会：作为中国卫生和健康领域的最高行政机构，国家卫生健康委员会负责制定和实施心理健康政策、法规和技术标准，该机构下设的心理健康处和心理卫生中心等部门，负责心理咨询师的培训、考核和认证工作。

2、中国心理学会：中国心理学会是全国性的学术组织，致力于推动心理学的发展和应用，该学会下设的心理评估与咨询专业委员会，负责心理咨询师的专业培训、考核和认证工作。

3、各省市卫生健康委员会：各省市卫生健康委员会是地方卫生和健康行政管理部门，负责本行政区域内的心理健康工作，这些部门通常会设立心理健康处或心理卫生中心，负责心理咨询师的培训、考核和认证工作。

4、专业培训机构：随着心理咨询行业的不断发展，越来越多的专业培训机构应运而生，这些机构通常与国家卫生健康委员会、中国心理学会等权威部门合作，提供心理咨询师的培训课程和认证服务，这些培训机构包括心理咨询师培训学校、心理治疗师培训中心等。

5、高等院校：许多高等院校设有心理学专业，为心理咨询师的培养提供了良好的平台，这些高校通常会开设心理咨询师培训课程，为学生提供实践机会，帮助他们顺利获得心理咨询师证书。

6、行业协会：一些专业的心理咨询师协会，如中国心理治疗师协会、中国婚姻家庭治疗师协会等，也会参与心理咨询师的培训、考核和认证工作，这些协会通常会与国家卫生健康委员会、中国心理学会等权威部门合作，共同推动心理咨询行业的发展。

7、国际认证机构：随着全球化的推进，一些国际认证机构也开始进入中国市场，为心理咨询师提供国际认证服务，这些机构包括美国心理学会（APA）、英国皇家心理学会（BPS）等，通过这些国际认证机构的认证，心理咨询师可以在全球范围内开展工作。

心理咨询师证书机构涉及多个部门和领域，包括政府部门、学术组织、专业培训机构、高等院校、行业协会和国际认证机构等，这些部门和机构共同为心理咨询师的培训、考核和认证工作提供了有力支持，推动了心理咨询行业的发展。