健康管理师证是由国家卫生健康委员会颁发的，这是目前公认的权威部门，不同的培训机构可能会提供不同的课程和培训方式，因此选择哪个部门颁发的证书并不是唯一的考虑因素。

在选择培训机构时，您可以考虑以下几个方面：

1、机构的资质和信誉度：您可以查看机构是否具有相关的资质和认证，以及机构的信誉度如何，这些信息可以通过搜索引擎或者咨询其他学员来获取。

2、课程设置和教学质量：您可以了解机构的课程设置和教学质量如何，包括师资力量、教学方法、教学资源等方面，这些信息可以通过咨询机构或者查看学员评价来获取。

3、培训费用和服务：您可以了解机构的培训费用和服务如何，包括报名流程、培训时间、培训地点等方面，这些信息可以通过咨询机构或者查看官方网站来获取。

4、学员评价和口碑：您可以了解其他学员对该机构的评价和口碑如何，包括通过搜索引擎或者社交媒体来获取相关信息。

选择哪个部门颁发的健康管理师证并不是唯一的考虑因素，在选择培训机构时，您需要综合考虑多个方面，并根据自己的需求和实际情况做出选择。