心理咨询师证书发证机构主要分为两类：政府部门和专业认证机构，以下是一些主要的发证部门和机构：

1、政府部门：在中国，心理咨询师证书的发放主要由人力资源和社会保障部负责，人社部下属的中国职业能力鉴定指导中心(简称职鉴中心)是全国范围内进行职业技能鉴定的主管部门，负责心理咨询师职业技能鉴定工作，各省、自治区、直辖市的人力资源和社会保障厅(局)也会参与到心理咨询师证书的发放工作中，例如北京市人力资源和社会保障局、上海市人力资源和社会保障局等。

2、专业认证机构：随着心理咨询行业的发展，越来越多的专业认证机构开始提供心理咨询师证书，这些机构通常会与政府部门合作，共同开展心理咨询师的培训和考试工作，一些知名的专业认证机构包括：中国心理卫生协会、中国心理学会、美国心理学会(APA)等，这些机构颁发的心理咨询师证书在国际上具有一定的认可度。

3、高校和研究机构：部分高校和研究机构也会开设心理咨询相关的专业课程，并颁发相应的证书，这些证书通常具有较高的学术价值，但在实际应用中可能需要结合其他证书或资格进行补充，北京大学、清华大学、复旦大学等知名高校都有提供心理咨询相关专业课程的情况。

4、社会培训机构：除了政府部门和专业认证机构外，还有一些社会培训机构也提供心理咨询师证书的培训和考试服务，这些机构通常会与上述部门或机构合作，共同开展心理咨询师的培训和考试工作，需要注意的是，选择这类机构时要谨慎辨别其资质和信誉，以免上当受骗。

5、国际组织：随着全球化的发展，越来越多的国际组织也开始关注心理健康领域，并提供相应的心理咨询师证书，国际婚姻家庭治疗师协会(IMFT)、美国临床催眠治疗师协会(ACG)等，这些组织的证书在国际上具有一定的认可度，但在国内的认可度相对较低。

心理咨询师证书的发证机构有很多种，包括政府部门、专业认证机构、高校和研究机构、社会培训机构以及国际组织等，在选择证书时，建议根据自己的需求和实际情况，综合考虑各种因素，如证书的权威性、实用性、费用等，做出合适的选择，还要注意避免上当受骗，确保所获得的证书真实有效。