心理咨询师证书发放机构主要由以下几个部门进行管理：

1、国家卫生健康委员会(National Health Commission of the People's Republic of China,简称NHC):作为中国政府部门，NHC负责制定和发布全国性的心理健康政策、法规和标准，在心理咨询师证书的发放和管理方面，NHC会与相关部门密切合作，确保证书的合法性和权威性。

2、人力资源和社会保障部(Ministry of Human Resources and Social Security,简称MHRRSS):MHRRSS负责制定和实施国家的职业资格证书制度，在心理咨询师证书的发放方面，MHRRSS会与NHC等相关部门协同工作，确保证书的规范性和有效性。

3、中国心理卫生协会(Chinese Psychological Association,简称CPA):中国心理卫生协会是一个专业性、学术性和群众性相结合的社会组织，作为心理咨询师行业的自律组织，CPA负责对心理咨询师的专业能力进行评价和认证，同时协助NHC等政府部门进行心理咨询师证书的管理和发放。

4、各省、自治区、直辖市卫生健康委员会(Health Commissions of provinces, autonomous regions and municipalities directly under the Central Government):各省、自治区、直辖市卫生健康委员会在NHC和MHRRSS的指导下，负责本地区心理咨询师证书的管理和发放工作，各级卫生健康委员会会设立专门的心理咨询师管理办公室，负责证书的审核、登记、备案等工作。

5、人力资源管理部门或人才市场：企事业单位在招聘心理咨询师时，需要向人力资源部门或人才市场申请颁发心理咨询师证书，这些部门会根据相关政策和标准，对申请者的资格进行审核，并将符合条件的申请者信息报送给相关管理部门进行证书的发放。

6、社会培训机构：为了满足市场需求，社会上涌现出大量心理咨询师培训课程和培训机构，这些机构在培训合格的学员后，会协助其向相关部门申请颁发心理咨询师证书，部分机构还会提供一站式的证书申请服务，包括培训、考试、申请等环节。

心理咨询师证书发放机构的管理涉及多个部门，包括政府部门、行业协会、企事业单位和社会培训机构等，这些部门共同协作，确保心理咨询师证书的权威性和有效性，为心理咨询行业的发展提供有力支持。