心理咨询师证书发证机构主要由以下几个部门审批：

1、国家卫生健康委员会(National Health Commission of the People's Republic of China,简称NHC):作为中国政府部门，国家卫生健康委员会负责制定和实施全国范围内的卫生健康政策、法规和标准，在心理咨询行业中，NHC负责对心理咨询师培训和考试进行监管，确保心理咨询师具备相应的专业知识和技能。

2、人力资源和社会保障部(Ministry of Human Resources and Social Security):人力资源和社会保障部负责制定和管理中国的劳动和社会保障政策，在心理咨询行业中，人力资源和社会保障部负责对心理咨询师的职业资格认证进行监管，确保心理咨询师具备合法从业资格。

3、教育部(Ministry of Education):教育部负责制定和实施全国范围内的教育政策、法规和标准，在心理咨询行业中，教育部负责对高校心理咨询专业的设立和管理进行监管，确保高校心理咨询专业具备良好的教学质量和人才培养水平。

4、民政部(Ministry of Civil Affairs):民政部负责制定和管理中国的民政政策，在心理咨询行业中，民政部负责对社会心理咨询机构的设立和管理进行监管，确保社会心理咨询机构具备合法从业资格。

5、中国科学院心理研究所(Chinese Academy of Sciences Institute of Psychology):中国科学院心理研究所是中国心理学研究的重要机构，负责对中国心理学领域的研究和发展进行指导，在心理咨询行业中，中国科学院心理研究所负责对心理咨询师的专业培训和考核进行监管，确保心理咨询师具备较高的专业水平。

6、中国心理学会(Chinese Society of Psychological Science):中国心理学会是中国心理学界的学术组织，负责对中国心理学领域的学术交流和研究工作进行指导，在心理咨询行业中，中国心理学会负责对心理咨询师的专业资质认证进行监管，确保心理咨询师具备良好的学术声誉。

7、其他相关部门：各省、自治区、直辖市还设有专门的心理健康管理部门，负责本地区的心理健康政策制定和实施，在心理咨询行业中，这些部门也会对心理咨询师的培训和考试进行监管，确保心理咨询师具备相应的专业知识和技能。

心理咨询师证书发证机构主要由国家卫生健康委员会、人力资源和社会保障部、教育部、民政部、中国科学院心理研究所、中国心理学会等相关部门审批，这些部门分别从不同的角度对心理咨询行业进行监管，确保心理咨询师具备合法从业资格和专业水平。