全过程工程项目管理师证书是由中国建设部、人力资源和社会保障部联合颁发的一项专业资格证书，旨在规范和提高工程项目管理水平，保障工程质量、安全和进度，全过程工程项目管理师证书的颁发机构主要有以下几个：

1、中国建设部：中国建设部作为国家级行政主管部门，负责全国工程建设的监督管理，在全过程工程项目管理师证书的颁发过程中，中国建设部起到了关键作用，各级建设部门负责本行政区域内的证书颁发工作，对申请人员进行资格审查，确保证书的权威性和有效性。

2、人力资源和社会保障部：人力资源和社会保障部作为国家级人力资源和社会保障部门，负责全国人力资源市场的管理和监督，在全过程工程项目管理师证书的颁发过程中，人力资源和社会保障部负责证书的备案和管理，对证书的真实性和合法性进行审核。

3、各省市建设厅、人力资源和社会保障局：各省市建设厅、人力资源和社会保障局在地方层面负责证书的颁发工作，他们负责组织本地区的资格审查、培训和考试等工作，确保证书的顺利发放。

4、专业培训机构：为了培养具备全过程工程项目管理能力的人才，各级政府和企业鼓励开展相关培训，一些专业的培训机构负责组织和实施全过程工程项目管理师的培训课程，帮助学员掌握相关知识和技能，为证书的颁发提供支持。

5、企业或行业协会：企业或行业协会在全过程工程项目管理师证书的颁发中也发挥着重要作用，他们可以组织内部培训和考核，推荐符合条件的人员参加证书考试，同时也可以为获得证书的人员提供实践和就业机会。

全过程工程项目管理师证书的颁发是一个涉及多个部门和机构的复杂过程，通过这个过程，我们可以确保证书的真实性、权威性和有效性，为广大从事工程项目管理工作的人员提供一个公平、公正的竞争平台。