中医理疗师证是由多个部门颁发的，其中包括国家卫生健康委员会、国家中医药管理局、人力资源和社会保障部等，这些部门的证书都是合法有效的，但是不同部门的证书在职业发展和就业方面可能会有所不同，哪个部门颁发的最好需要根据个人情况来决定。

如果您想在医院或诊所工作，那么国家卫生健康委员会颁发的中医理疗师证可能更有优势，因为这个部门的证书是专门针对医疗行业的，而且在医院或诊所中更容易被认可。

如果您想自己创业或者开设私人诊所，那么国家中医药管理局颁发的中医理疗师证可能更适合您，因为这个部门的证书不仅针对医疗行业，还涉及到保健、养生等领域，可以满足您的多种需求。

人力资源和社会保障部也颁发了中医理疗师证，这个部门的证书主要是针对职业技能培训和考核方面的，如果您只是想提高自己的技能水平，而不是从事临床工作，那么这个部门的证书也是一个不错的选择。

哪个部门颁发的最好需要根据个人情况来决定，无论您选择哪个部门颁发的证书，都需要认真备考和学习相关知识和技能，才能更好地发挥自己的职业潜力。