中医针灸理疗师证书颁发机构是指负责对中医针灸理疗师进行专业培训、考核和认证的组织，在中国，中医针灸理疗师证书颁发机构主要有以下几个：

1、中国中医科学院针灸研究所：中国中医科学院针灸研究所是中国最早的针灸科研机构，负责全国范围内的针灸理论研究、人才培养和技术交流工作，在这里，针灸理疗师可以接受系统的专业培训和考核，获得相应的资格证书。

2、各省、市、自治区中医药管理局：各级中医药管理局负责本行政区域内的中医药管理工作，包括中医针灸理疗师的培训、考核和认证工作，在各省级中医药管理局下属的中医药学校或职业培训机构，针灸理疗师可以参加培训并通过考试，获得证书。

3、社会培训机构：除了以上两个官方机构外，还有一些社会培训机构也提供中医针灸理疗师培训课程，这些机构通常会与中医药管理局合作，共同完成培训和考核工作，在这些机构学习并通过考试的学员，也可以获得中医针灸理疗师证书。

4、中国民间中医针灸协会：中国民间中医针灸协会是一个非营利性的社会团体组织，旨在推动中医针灸事业的发展，该协会设有专门的中医针灸师培训中心，为有意向成为中医针灸师的人员提供专业的培训课程，在完成培训并通过考核后，学员可以获得中国民间中医针灸协会颁发的中医针灸师证书。

中医针灸理疗师证书颁发机构主要包括中国中医科学院针灸研究所、各省、市、自治区中医药管理局以及社会培训机构等，在这些机构学习并通过考试的学员，可以获得有效的中医针灸理疗师证书，从而在医疗行业中发挥专业作用。