按摩理疗师证的办理部门和流程可能因地区而异，但通常可以在以下几个部门进行办理：

1、卫生健康委员会：这是中国政府部门中负责卫生和健康事务的主要机构，在卫生健康委员会下属的职业卫生监督所或医院卫生科，可以咨询办理按摩理疗师证的具体流程和要求。

2、人力资源和社会保障局：这个部门主要负责职业资格证书的颁发和管理，在人力资源和社会保障局下属的职业技能鉴定中心，可以提交相关材料并参加考试，以获得按摩理疗师证。

3、工会和行业协会：一些地方的工会和行业协会也会提供按摩理疗师培训和证书颁发服务，可以联系当地的工会和行业协会了解具体情况。

4、培训机构：有些培训机构专门提供按摩理疗师培训课程，并颁发相应证书，可以选择这些机构进行培训和考证。

5、社区服务中心：部分地区的社区服务中心也可能提供按摩理疗师证的办理服务，可以向当地社区服务中心咨询相关信息。

办理按摩理疗师证的具体部门和流程可能因地区而异，建议向当地的卫生健康委员会、人力资源和社会保障局等相关部门咨询，了解详细信息，也可以通过网络搜索、电话咨询等方式获取相关信息，以便更快地办理好按摩理疗师证。