中医针灸师证的颁发部门主要有两个，分别是国家卫生健康委员会和国家中医药管理局，这两个部门负责对中医针灸师的培训、考核和证书的颁发工作进行统一管理。

1、国家卫生健康委员会

国家卫生健康委员会是中华人民共和国国务院组成部门之一，主要负责全国卫生和健康事业的管理和监督，在中医针灸师证书颁发方面，国家卫生健康委员会会组织相关专家和学者对申请中医针灸师的人员进行严格的培训和考核，确保其具备扎实的理论知识和实践技能，通过考试合格的人员，可以获得由国家卫生健康委员会颁发的中医针灸师证书。

2、国家中医药管理局

国家中医药管理局是中华人民共和国国务院组成部门之一，主要负责全国中医药事业的管理和发展，在中医针灸师证书颁发方面，国家中医药管理局也会组织相关专家和学者对申请中医针灸师的人员进行培训和考核，确保其具备相应的专业素质，通过考试合格的人员，可以获得由国家中医药管理局颁发的中医针灸师证书。

中医针灸师证的颁发部门主要是国家卫生健康委员会和国家中医药管理局，这两个部门会严格按照相关规定，对申请中医针灸师的人员进行培训、考核和证书的颁发工作，以确保中医针灸师的专业素质和技能水平，还有一些地方性的中医药管理部门也会对当地的中医针灸师进行培训和考核，颁发相应的证书。