中医康复理疗师证的发证部门主要有两个，分别是国家卫生健康委员会和各省、自治区、直辖市卫生健康委员会，这两个部门都是我国卫生行业的主管部门，负责全国范围内的卫生健康工作。

国家卫生健康委员会是中华人民共和国国务院组成部门之一，主要负责制定和实施卫生健康政策、法规，以及对全国卫生健康工作进行监督、指导和管理，国家卫生健康委员会下设多个局和司，其中就包括中医药管理局，中医药管理局负责中医药事业的发展和管理，包括中医药教育、科研、医疗、保健、康复等方面的工作，国家卫生健康委员会有权颁发中医康复理疗师证。

各省、自治区、直辖市卫生健康委员会则是在国家卫生健康委员会的领导下，负责本行政区域内的卫生健康工作，这些委员会根据国家卫生健康委员会的方针政策和法律法规，制定本地区的卫生健康政策、法规和措施，并对本地区的卫生健康工作进行监督、指导和管理，各省、自治区、直辖市卫生健康委员会也有权颁发中医康复理疗师证。

中医康复理疗师证的发证部门主要是国家卫生健康委员会和各省、自治区、直辖市卫生健康委员会，这两个部门都是我国卫生行业的主管部门，负责全国范围内的卫生健康工作，在考取中医康复理疗师证时，需要向这两个部门中的一个或两个申请，具体取决于所在地区的管理规定，考生还需要满足一定的学历、实践经验等条件，通过相应的考试和培训，才能获得中医康复理疗师证。