在选择中医康复理疗师证的部门时，我们需要考虑以下几个方面：

1、行业认可度：我们需要了解各个部门对于中医康复理疗师证的认可度，国家卫生健康委员会、国家中医药管理局等政府部门颁发的证书具有较高的权威性，能够得到行业的广泛认可，一些地方卫生行政部门也会颁发相关证书，但其权威性相对较低，在选择部门时，我们应优先考虑国家和地方卫生健康部门。

2、培训质量：我们需要关注各个部门的培训质量，政府部门会组织专业的教师和专家进行授课，确保培训内容的专业性和实用性，而一些非政府部门的培训机构，其师资力量和教学质量可能参差不齐，在选择部门时，我们可以通过查阅相关资料、咨询已经获得证书的人员等方式，了解各个部门的培训质量。

3、培训费用：我们还需要关注各个部门的培训费用，政府部门的培训费用相对较低，甚至有可能免费，而非政府部门的培训机构，其培训费用可能会较高，在选择部门时，我们可以根据自己的经济状况，合理安排培训费用。

4、培训时间：我们还需要关注各个部门的培训时间，政府部门的培训时间较长，通常为数月甚至一年以上，而非政府部门的培训机构，其培训时间可能会较短，在选择部门时，我们可以根据自己的实际情况，选择合适的培训时间。

5、就业前景：我们还需要关注各个部门毕业生的就业前景，政府部门颁发的证书具有较好的就业前景，因为这些证书得到了行业的广泛认可，而非政府部门颁发的证书，其就业前景可能相对较差，在选择部门时，我们可以参考各个部门毕业生的就业情况，以便做出更好的选择。

在选择中医康复理疗师证的部门时，我们应该综合考虑行业认可度、培训质量、培训费用、培训时间和就业前景等因素，选择一个既能够提高自己的专业素养，又有利于自己就业的部门，在这个过程中，我们可以向已经获得证书的人员请教经验，查阅相关资料，以便做出更为明智的选择。