针灸师资格证的发放主要由中国中医科学院、各省、自治区、直辖市中医药管理局以及国家卫生健康委员会等部门负责，这些部门会定期组织考试，对通过考试的考生进行资格认证，并发放针灸师资格证书。

中国中医科学院是全国针灸师资格认证的主要机构，该院设有针灸研究所，负责针灸师资格认证的具体工作，各省、自治区、直辖市中医药管理局也会设立相应的鉴定机构，负责本地区的针灸师资格认证工作，国家卫生健康委员会也会参与针灸师资格认证的工作，对全国范围内的针灸师进行统一管理和监督。

针灸师资格证的发放主要包括以下几个步骤：

1、报名参加考试：考生需要在规定的时间内向所在省、自治区、直辖市中医药管理局或者中国中医科学院报名参加针灸师资格考试，报名时需要提交相关材料，如身份证、学历证明等。

2、参加考试：考试通常分为理论考试和实践技能考试两部分，理论考试主要测试考生对针灸学相关知识的掌握程度，实践技能考试则测试考生的实际操作能力。

3、成绩公布：考试结束后，相关部门会及时公布考试成绩，考生可以在指定的时间内查询自己的成绩。

4、资格认证：根据考生的理论考试成绩和实践技能考试成绩，相关部门会对考生进行资格认证，认证合格的考生将获得针灸师资格证书。

5、证书发放：针灸师资格证书由相关部门负责发放，考生可以凭此证书到相关部门办理相关的执业手续。

针灸师资格证的发放涉及到多个部门和机构，需要考生按照规定的程序进行报名、参加考试、查询成绩、资格认证等环节，只有通过这些环节，考生才能获得针灸师资格证书，从而在针灸行业内合法执业。