中医针灸理疗师证书的发放部门主要有两个，分别是国家中医药管理局和各省、自治区、直辖市中医药管理部门，这两个部门都是国家级的中医药管理机构，具有很高的权威性和公信力，在选择发放部门时，可以从以下几个方面进行考虑：

1、专业性：国家中医药管理局是国家级的中医药管理机构，负责全国范围内的中医药管理工作，其颁发的证书具有很高的权威性，而各省、自治区、直辖市中医药管理部门则是在国家中医药管理局的指导下，负责本行政区域内的中医药管理工作，从专业性角度来看，国家中医药管理局发放的证书更具优势。

2、地域性：各省、自治区、直辖市中医药管理部门是在地方层面上进行中医药管理工作的，对于在本地区从事中医针灸理疗工作的人员来说，这些部门发放的证书可能更具有地域性优势，而国家中医药管理局颁发的证书则具有全国性的认可度。

3、培训体系：在选择发放部门时，还可以参考各地中医药管理部门的培训体系，具有较为完善的培训体系的部门，其颁发的证书也会更具权威性，可以先了解一下各地中医药管理部门的培训课程设置、师资力量等情况，再做出选择。

4、实际应用：在选择发放部门时，还可以结合自己所在地区的实际情况进行考虑，如果自己所在的地区已经有了较多的中医针灸理疗师，那么在这些地区的中医药管理部门颁发的证书可能会更受欢迎，也可以咨询一下已经获得这些证书的人员，了解他们对这些部门的评价和建议。

在选择中医针灸理疗师证书发放部门时，可以从专业性、地域性、培训体系和实际应用等方面进行综合考虑，以确保所获得的证书具有较高的权威性和认可度，还需要注意的是，无论选择哪个部门发放的证书，都需要不断提升自己的专业技能和服务水平，才能在中医针灸理疗行业中取得更好的发展。