电子商务师证书编号的开头字母，既可以是S也可以是Y,这主要取决于颁发机构的规定，在中国，由人力资源和社会保障部、国家市场监督管理总局联合颁发的《电子商务师职业技能鉴定规范》中，并没有明确规定证书编号的开头字母必须是S还是Y，实际上，电子商务师证书编号的开头字母可以是S,也可以是Y。

在实际操作中，不同的颁发机构可能会有自己的规定，有些机构可能要求证书编号的开头字母必须是S,而有些机构则可能允许证书编号的开头字母是Y，如果你想要获取电子商务师证书，最好是向颁发机构咨询他们的具体规定。

电子商务师证书编号的开头字母并不重要，重要的是你能够通过考试，获得这个证明你具备电子商务师职业技能的证书，这将有助于你在求职或者开展电子商务业务时，提升自己的竞争力。